Янтарная инкрустация занимала три стены, и была расположен в три яруса. Центральный (средний) ярус составили восемь больших вертикальных панно. В четырех из них установили композиции из цветных камней, исполненные в 1750-х годах во Флоренции в технике флорентийской мозаики по эскизам Д. Дзокки и изображавшие аллегории пяти чувств: Зрение, Вкус, Слух, Осязание и Обоняние.
В промежутках расположили высокие зеркальные пилястры, а прямоугольные янтарные панно были помещены в нижнем ярусе комнаты. В северо-восточном углу комнаты поставили маленький янтарный столик на изящно изогнутой ножке.
Дополнительное убранство комнаты составили наборные комоды русской работы и китайский фарфор. Здесь же, в застекленных витринах, хранилось одно из самых значительных в Европе собраний янтарных изделий XVII–XVIII веков работы немецких, польских и русских мастеров.
Поскольку резкие перепады температуры, печное отопление и сквозняки разрушали янтарь, только в XIX веке трижды проводилась реставрация Янтарной комнаты: в 1833, 1865, 1893–1897 годах. Позднее, в 1933–1935 годах, небольшие реставрационные работы велись скульптором И. Крестовским.
На 1941 год была намечена серьезная реставрация памятника, но началась война.
В 1939 году Йозеф Геббельс, министр пропаганды в Третьем Рейхе, приказал вернуть в фашистскую Германию те произведения искусства, которые каким-либо образом оказались за пределами страны.
Альфред Роде решил вернуть Янтарную комнату на родину, в Кёнигсберг. Он взбудоражил всю страну известием о том, что величайшее произведение немецкого искусства находится в России, поэтому кампания по ее возвращению была очень масштабной.
В первые дни Великой Отечественной войны в Екатерининском дворце началась эвакуация музейных ценностей; из-за хрупкости янтарных панелей решено было их не демонтировать, а произвести консервацию на месте: панно оклеили бумагой, затем марлей, обложили ватой и закрыли деревянными щитами.
Когда в город Пушкин ворвались немецкие части, включавшие специалистов команды «Кунсткомиссион», которая занималась вывозом художественных ценностей, янтарные панно были сняты и отправлены в Кенигсберг, хотя в дарственной книге Кенигсбергского музея под № 200 сохранилась запись о том, что Янтарная комната была подарена музею Германским государственным управлением дворцов и садов.
Янтарные панно и резные позолоченные двери были выставлены в одном из залов Кенигсбергского замка, где находился музей янтаря.
Директор музея А. Роде в 1944 году писал, что Янтарная комната, вернувшись на свою родину, является лучшим украшением Кенигсберга. Роде считал решение Фридриха-Вильгельма I подарить Янтарную комнату Петру I ошибкой и назвал её вывоз в Германию «акцией по спасению достояния немецкого народа».
Это было последнее место, где демонстрировалась уникальная янтарная комната.
27 и 29 августа 1944 года в ходе бомбардировки Кёнигсберга английской авиацией часть Королевского замка, где тогда находилась комната, была разрушена, но 2 сентября Роде доложил в Берлин, что реликвия уцелела.
